Qualifié de « double mutant », le nouveau variant suscite des inquiétudes en Inde et ailleurs car il serait porteur de deux mutations particulièrement puissantes et résistantes aux anticorps. L’une d’elles pourrait être capable d’entraîner une augmentation de la transmission.

Le B.1.617 a été repéré pour la première fois en octobre 2020 près de Nagpur, située dans l’Etat de Maharashtra, qui abrite la capitale économique de Bombay.

Ce nouveau variant indien représenterait actuellement 55% des cas de contaminations au Maharashtra et plus de 10% dans le reste du pays, fait savoir le directeur du Centre de biologie moléculaire et cellulaire, Rakesh Mishra.

Selon une étude de la chercheuse en virologie Grace Roberts de l’Université Queen’s de Belfast, cette variante est estimée à environ 20% plus transmissible que la forme antérieure du coronavirus qui a circulé lors de la première vague.

Outre l’Inde, le B.1.617 a fait son apparition dans plusieurs pays dont l’Allemagne, l’Italie, les Etats-Unis, l’Australie et le Canada.

Et ce qui inquiète le plus les autorités indiennes c’est que la nouvelle souche semble toucher plus de jeunes que les précédentes. Selon le chef du gouvernement local de Delhi, Arvind Kejriwal, 65 % des nouveaux patients ont moins de 45 ans.

« Une grande tragédie » aura lieu si on ne prend pas « des mesures rapides et significatives  » pour résoudre la pénurie aiguë d’oxygène médical, c’est ainsi que M. Kejriewal a averti le gouvernement central.

Les files d’attente de patients atteints du Covid et leurs proches inquiets s’allongent devant les hôpitaux des principales villes du pays où près d’un million de nouveaux cas ont été recensés en trois jours.

Par précaution, plusieurs pays ont interdit les vols en provenance d’Inde dont la Grande-Bretagne qui a signalé 103 cas de ce variant indien sur son territoire.

La distanciation sociale en Inde, un mythe ?

Ces derniers mois, l’Inde pensait avoir acquis une certaine immunité collective, vu le nombre moyen des contaminations si l’on prend en compte le nombre d’habitants au deuxième pays le plus peuplé au monde. Par conséquent, le pays n’a pas tardé à renouer avec les festivals religieux et les rassemblements politiques ayant réuni des millions de personnes. La promiscuité et le non respect de la distanciation sociale fait la règle dans un pays aussi peuplé que l’Inde.

Résultat, la situation est hors de contrôle et presque rien ne parvient à aplatir la courbe des contaminations. Le pays se retrouve impuissant, sans aucun moyen de répondre face à l’ampleur la situation.

Saturés, les hôpitaux qui font face à une pénurie d’oxygène médical, sont parfois contraints de refuser des patients faute de lits de réanimation ou de respirateurs comme c’est le cas dans plusieurs régions à Delhi ou à Mumbai où des dizaines de décès ont été signalés en raison du manque d’oxygène.

Des vidéos publiées sur les réseaux sociaux montrent même des centres hospitaliers, entièrement débordés, forcés de soigner deux patients par lits.

Vaccination, le rythme est encore lent

Bien que le pays soit leader mondial dans la production de vaccins, il s’est retrouvé en pénurie à cause de la montée exponentielle des cas mais aussi en raison des brevets sur les vaccins détenus par les principaux laboratoires et à l’interdiction d’export à l’étranger par les Etats-Unis de plusieurs composants nécessaires à la fabrication de vaccins.

De ce fait, de nombreux centres de vaccination ont dû fermer alors que le pays s’apprête à ouvrir la vaccination à tous les adultes de plus de 18 ans à partir du 1er mai.

« Au rythme de deux millions de vaccins par jour, il nous faudra deux ans et demi pour que 70 % de la population soit vaccinée avec deux doses », a déclarait dans ce sens Ramanan Laxminarayan, le directeur du Center for Disease Dy-namics, Economics and Policy.

L’Inde a limité dernièrement les explorations de vaccins pour subvenir à ses besoins intérieures, mais le déficit est toujours là.

Le pays peine à contenir la propagation du virus malgré une vaste campagne de vaccination qui a permis d’administrer à ce jour plus de 138 millions de doses.

Quand il pénètre dans une cellule, un virus se réplique: il se copie lui-même pour se propager.

A chaque réplication, des erreurs se produisent dans la copie du génome du virus, comme un « bug » informatique. Mais cette erreur peut avoir, ou non, une incidence plus ou moins importante sur la façon dont se comporte le virus.

La mutation peut être « favorable » au virus: elle l’aide à mieux survivre, ou « défavorable » (elle l’affaiblit par exemple). C’est ce qu’on appelle la sélection naturelle.

Les virus à ARN (matériel génétique proche de l’ADN), comme le Sars-CoV-2, mutent plus vite que les virus à ADN car leurs erreurs d’encodage sont plus fréquentes.

Toutefois, les coronavirus mutent moins vite que d’autres virus à ARN: jusqu’à présent par exemple, le Sars-Cov-2 mute deux fois moins vite que la grippe et quatre fois moins vite que le VIH, selon Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire de l’Université de Bâle (Suisse), citée récemment dans la revue Nature.

Les scientifiques considèrent même que le nouveau coronavirus est génétiquement relativement stable. Mais ce qui importe est de savoir si ces mutations ont des effets notables. Et si elles rendent le virus plus « dangereux » ?

Ces mutations le rendent-elles plus contagieux ? Plus pathogène, c’est-à-dire davantage susceptible de rendre malade ? Plus virulent, c’est-à-dire capable de rendre plus gravement malade ? Moins vulnérable à un vaccin ? Plus résistant à nos défenses immunitaires ?

Mutations traqués par les chercheurs

Les mutations génétiques du coronavirus sont traquées dans le monde entier par les chercheurs, qui séquencent le génome des virus qu’ils trouvent et les partagent sur une base de données internationale, GISAID, un trésor de dizaines de milliers de séquences.

Pour l’instant rien n’indique clairement que le virus ait muté de façon à modifier sensiblement ses effets sur l’être humain.

Une chose est sûre: le nouveau coronavirus n’échappe pas à la règle et « mute tout le temps », a expliqué cette semaine devant les sénateurs Marie-Paule Kieny, virologue, directrice de recherche à l’Inserm.

« Le problème » est de savoir si ces « mutations changent la virulence ou pas? », a ajouté sa consoeur, Dominique Costagliola, épidémiologiste, également auditionnée au Sénat. Pour l’heure, « on n’a aucune donnée » en ce sens.

« Jusqu’à présent, ça ne veut pas dire que cela ne sera jamais le cas, il ne semble pas que ces mutations aient une influence sur la pathogénicité de ce virus », a ajouté Mme Kieny.

Dans une étude parue en juillet dans la revue Cell (après une version préliminaire au printemps), des scientifiques avaient affirmé qu’une mutation permettait à la souche la plus répandue du virus d’infecter plus facilement les cellules grâce à une modification de la protéine S, la « pointe » qui lui permet d’entrer dans la cellule. Selon leur hypothèse, cette mutation pourrait rendre le virus plus contagieux, ce qui expliquerait sa propagation exponentielle.

Mais de nombreux scientifiques ont relevé des limites, notant que la plus grande infectiosité n’avait été observée qu’en laboratoire et que ce travail n’apportait pas la preuve qu’une aptitude plus grande à infecter les cellules rendait plus contagieux.

La conclusion la plus stricte est donc que si cette souche est sans doute plus « infectieuse », elle n’est pas forcément plus « transmissible » entre humains.

Les auteurs avaient aussi observé, sur des malades hospitalisés, que cette souche n’entraînait pas de forme plus grave de la maladie.

Quant à l’hypothèse, formulée notamment en août par un scientifique de Singapour, que le virus deviendrait moins virulent, elle n’a pas été étayée scientifiquement. Là encore, une moindre gravité des symptômes peut s’expliquer par d’autres facteurs: moins de comorbidités, meilleure prise en charge etc.

Mutation lente du Sars-Covdi-2

Quand ses mutations modifient substantiellement « l’antigénicité » d’un virus, c’est-à-dire sa capacité à provoquer la production d’anticorps, les vaccins peuvent perdre en efficacité.

Mais comme on l’a vu, le Sars-Cov-2 mute jusqu’à présent relativement lentement, ce qui à cet égard pourrait, en toute hypothèse, être une bonne nouvelle côté vaccin.

Pour l’heure, « il ne semble pas (…) que ces mutations aient une différence sur ce qu’on appelle leur antigénicité », toujours selon Marie-Paule Kieny.

« La plupart des vaccins ont été faits avec des virus qui correspondent aux premières souches de Wuhan, mais beaucoup de chercheurs ou d’industries ont essayé de tester si les anticorps qu’ils arrivent à générer avec leur candidat-vaccin neutralisent aussi les nouveaux virus », a-t-elle poursuivi, « et ils voient qu’effectivement, les nouveaux virus sont neutralisés aussi bien que les anciens ».

« Donc pour le moment, il ne semble pas que ces mutations, bien réelles, nous amènent à dire qu’il faudra faire comme pour la grippe un vaccin différent chaque année », espère aussi la scientifique.